比較典型的微生物程序通常利用本生燃燒器或其他明火來(lái)消毒或減少交叉污染，但是，由于以下幾個(gè)原因，不建議在生物安全柜內(nèi)使用這種明火：
1、生物安全柜通過(guò)在機(jī)柜的工作區(qū)域上傳遞向下層流氣流（以恒定速度單向行進(jìn)的空氣，沒(méi)有湍流）來(lái)維持樣品保護(hù)。熱空氣上升，因此任何明火都會(huì)使空氣上升到層流下降，產(chǎn)生湍流并阻礙生物安全柜保護(hù)工作區(qū)域樣品的能力。
2、如果明火變得太熱，它還具有熔化粘合劑的能力，該粘合劑將HEPA過(guò)濾介質(zhì)保持在其框架上。這會(huì)破壞HEPA過(guò)濾器的有效性，而導(dǎo)致正壓通風(fēng)系統(tǒng)中的安全殼損失。
3、如果火焰熄滅并且供氣閥保持打開(kāi)，則可燃?xì)怏w將不受限制地引入機(jī)柜。在A2生物安全柜中，生物安全柜中70％的空氣被再循環(huán)，可燃?xì)怏w的濃度可能達(dá)到爆炸性潛力，對(duì)用戶(hù)和實(shí)驗(yàn)室造成嚴(yán)重風(fēng)險(xiǎn)。
4、美國(guó)疾病控制和預(yù)防中心（CDC）和衛(wèi)生研究院（NIH）也在出版物中闡述了這一點(diǎn)：在生物安全柜中工作時(shí)，可以采取一些措施來(lái)減少材料交叉污染的可能性；打開(kāi)的管子或瓶子不垂直放置；將蓋子保持在開(kāi)放的無(wú)菌表面上方，減少向下空氣的直接沖擊等等，所以，在生物安全柜的近乎無(wú)微生物的環(huán)境中不需要明火。
如上面所述，如果需要火焰，小型電動(dòng)“爐”同樣可用于凈化細(xì)菌環(huán)和針，并且優(yōu)于生物安全柜內(nèi)的明火，是更安全的替代品。
